Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2 / Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. OBJETIVO: Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). CONCLUSIONES: Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Toxoplasmosis cerebral luego de un trasplante renal / Cerebral toxoplasmosis after a kidney transplant

Resumen Se reporta el caso de un paciente masculino de 29 años con antecedente de diabetes mellitus tipo 1, con enfermedad renal crónica estadio 5 secundaria a enfermedad renal diabética que requirió de trasplante renal de donante vivo en el año 2000 y en tratamiento inmunosupresor con prednisolona, tacrolimus y micofenolato desde dicho procedimiento, quien ingresó al servicio de urgencias por crisis epiléptica focal con generalización secundaria. El enfoque diagnóstico de toxoplasmosis cerebral en pacientes inmunocomprometidos es un reto clínico debido a la gran variabilidad de signos y síntomas asociados en esta población y a la alta frecuencia de complicaciones, lo cual puede confundir el diagnostico.

Abstract A 29-year-old male patient with a history of type 1 diabetes mellitus, stage 5 chronic kidney disease secondary to diabetic kidney disease that required living donor kidney transplantation in 2000. During these years, he has received immunosuppressive treatment with prednisolone, tacrolimus, and mycophenolate. He was admitted to the emergency department for focal epileptic crisis with secondary generalization. The diagnostic approach of cerebral toxoplasmosis in immunocompromised patients is a clinical challenge, due to the great variability of associated signs and symptoms in this population and the high frequency of complications, which can confuse the diagnosis.

Specific IgY anti-group 1 dust mite allergens induced by unglycosylated synthetic oligopeptides

Introduction: The use of specific antibodies capable of detecting allergens of the group 1 of house dust mites represents a potential strategy to reduce exposure and clinical symptomatology associated with asthma and allergic rhinitis. Objective: To produce and purify chicken antibodies specific for the dust mites Dermatophagoides sp. and B. tropicalis using the IgY technology. Materials and methods: We designed and synthesized oligopeptides showing immunogenic epitopes of Der p1, Der f1, and Blo t1. These were used to produce IgY antibodies in Hy Line Brown chickens. IgY were extracted from egg yolk using thiophilic chromatography. The immunogenicity and specificity were assayed by indirect ELISA and Dot Blot. Results: We obtained high reactivity of IgY antibodies against epitopes of allergens present in whole body mites extracts of D. farinae, D. pteronyssinus, and B. tropicalis. The highest IgY levels were registered between days 32 and 40 after immunization. The antibodies showed high immunoreactivity and specificity towards D. farinae proteins with detection limits above 0.03 µg of mite proteins under the experimental conditions used. Purified IgY did not show significant reactivity when binding to Periplaneta americana extract. Conclusion: The IgY technology allowed the production of specific antibodies against house dust mites group 1 allergens using non-glycosylated synthetic peptides. To our knowledge, this is the first time that this immunochemicals are used in the detection of mites of medical relevance.

IgY antialérgenos específicos del grupo 1 de ácaros del polvo doméstico inducidos por oligopéptidos sintéticos no glicosilados / Specific IgY anti-group 1 dust mite allergens induced by unglycosylated synthetic oligopeptides

Resumen Introducción. La obtención de anticuerpos específicos capaces de detectar alérgenos del grupo 1 de ácaros del polvo doméstico representa una estrategia potencial de salud pública para reducir la exposición y la sintomatología clínica asociada con el asma y la rinitis alérgica. Objetivo. Producir y purificar anticuerpos aviares antialérgenos específicos del grupo 1 de los ácaros Dermatophagoides sp.y Blomia tropicalis utilizando la tecnología IgY. Materiales y métodos. Se diseñaron y sintetizaron oligopéptidos que evidenciaran epítopes inmunogénicos de los alérgenos Der p1, Der f1 y Blo t1 empleados posteriormente para producir anticuerpos IgY policlonales en gallinas Hy Line Brown. Las IgY presentes en las yemas de los huevos se purificaron mediante cromatografía tiofílica. Su inmunorreactividad y especificidad se determinaron mediante un inmunoensayo ELISA indirecto y Dot Blot. Resultados. Se obtuvo una reactividad elevada de las IgY contra epítopes de alérgenos presentes en extractos de cuerpo entero de D. farinae, D. pteronyssinus y B. tropicalis. Los niveles más altos de IgY se produjeron entre los días 32 y 40 de inmunización. Los anticuerpos mostraron mayor inmunorreactividad y especificidad en el reconocimiento de proteínas de D. farinae, con un límite de detección mayor de 0,03 µg de proteína total delcaroajo las condiciones experimentales analizadas. Las IgY purificadas no mostraron reactividad significativa frente al extracto de Periplaneta americana. Conclusión. La tecnología IgY permitió la producción de anticuerpos específicos contra alérgenos del grupo 1 de los ácaros del polvo al utilizar oligopéptidos sintéticos no glicosilados. Hasta donde se sabe, esta es la primera vez que se usan estos reactivos inmunológicos para la detección de ácaros de importancia médica.

Abstract Introduction: The use of specific antibodies capable of detecting allergens of the group 1 of house dust mites represents a potential strategy to reduce exposure and clinical symptomatology associated with asthma and allergic rhinitis. Objective: To produce and purify chicken antibodies specific for the dust mites Dermatophagoides sp. and B. tropicalis using the IgY technology. Materials and methods: We designed and synthesized oligopeptides showing immunogenic epitopes of Der p1, Der f1, and Blo t1. These were used to produce IgY antibodies in Hy Line Brown chickens. IgY were extracted from egg yolk using thiophilic chromatography. The immunogenicity and specificity were assayed by indirect ELISA and Dot Blot. Results: We obtained high reactivity of IgY antibodies against epitopes of allergens present in whole body mites extracts of D. farinae, D. pteronyssinus, and B. tropicalis. The highest IgY levels were registered between days 32 and 40 after immunization. The antibodies showed high immunoreactivity and specificity towards D. farinae proteins with detection limits above 0.03 µg of mite proteins under the experimental conditions used. Purified IgY did not show significant reactivity when binding to Periplaneta americana extract. Conclusion: The IgY technology allowed the production of specific antibodies against house dust mites group 1 allergens using non-glycosylated synthetic peptides. To our knowledge, this is the first time that this immunochemicals are used in the detection of mites of medical relevance.

Las proteínas alergénicas: un novedoso blanco para el desarrollo de estudios en proteomica funcional / The allergenic proteins: a novel target for the studies' development in functional proteomica

En la patogénesis de las enfermedades alérgicas están involucrados el ambiente, la carga genética y la inmunocompetencia del individuo. Continuamente nuestro sistema inmune está expuesto a numerosas proteínas, sin embargo, solo unas pocas inducen una respuesta inmune alérgica. El potencial intrínsico de una proteína alergénica para inducir sensibilización solo se manifiesta en individuos susceptibles, genéticamente condicionados a presentar respuestas atópicas. Muchas de estas proteínas alergénicas comparten alguna homología en su secuencia de aminoácidos. Estos alérgenos poseen un amplio rango de características moleculares, ninguna de las cuales es única solo para estas proteínas alergénicas. A pesar de esto, algunas de estas características son más comunes entre algunos alérgenos que con otras proteínas. Se ha demostrado que algunas proteínas con actividad enzimática inducen reacciones alérgicas y que esta propiedad biológica está asociada con su actividad catalítica. En la presente revisión se describen las principales características moleculares de las proteínas alergénicas, y se hace énfasis en la cistein proteasas de los ácaros intradomiciliarios, en razón a que ellas son un factor de riesgo en el desarrollo de una respuesta inmune alérgica en individuos susceptibles y se constituyen en factores desencadenantes de respuestas inflamatorias en la fisiopatología de las enfermedades alérgicas respiratorias...

The components involved in the pathogenesis of disorder allergic include the environment, the genetics and the immune competence. Continuously we are exposed to thousands of different proteins, but a single few of them induce an allergic immune response. The unique potential of an allergic protein to induce sensitization, only produce a response in susceptible individuals. Many of those allergic proteins share some homology in their sequence of amino acids, nevertheless, allergens have an ample rank of characteristic, no of which is unique for allergenic proteins. In spite of this, some characteristics are more common between allergens than in other proteins. It has been demonstrated that some proteins with enzymatic activity have a predisposition to induce allergic reactions and that its biological characteristics is associated with its catalytic activity. Those characteristic could be contribute directly to the allergenicity of this protein. In the present review we presented/displayed the main intrinsic characteristics of allergenic proteins associated with an allergic immune response, making emphasis in their Properties as activity cystein protease how and this biological faculty determining a factor in the development of the inflammatory cascade as an allergic immune response in susceptible individuals...

Inmunogenética e inmunopatología de la diabetes insulinodependiente tipo I / Immune-genetic and immune-pathology of Insulin Dependent Type I Diabetes

T1D is a chronic autoimmune disease that can greatly alter the quality of life of children at ayoung age. This condition can also generate high public health costs and produce psycho-affectivedisorders in the family. It can significantly reduce the years of productive and healthy life.Diabetes Mellitus Type I, or insulin dependent, has a lower prevalence than Type II, or noninsulindependent. Diabetes nevertheless, complications like microangiopthy, macroangiopathyand neuropathy can lead to elevated mortality and morbidity. Molecular analysis show thatloci DQA1 and DQB1 are strongly associated with susceptibility and resistance to T1D. HLADQB1*O3O2 – DQA1* 0301 are the most strongest alelles associated with susceptibility andDQB1*O2O1 – DQA1* 0501 are linked to DR4 and DR3 respectively. A study performed inMexico City, Caracas and Medellin reported that there is statistical significance to consider theDQA1 alleles as markers for susceptibility to develop T1D. Another study that looked at NorthAmericans with Mexican origin concluded that the alleles DQB1*0302 and DQB1*0201 are foundin 91 percent of patients, compared with 74 percent of controls. In previous studies, our group informed themolecular characterization of HLA Class II genes using PCR-SSP in a mestizo patient populationin the Colombian Caribbean. We analyzed the loci HLA DRB1 and HLA DQB1, finding that thealleles with higher expression in healthy control subjects were HLA-DQB1*0301 with 23.8 percent,DQB1*0302 (13.8 percent), DQB1*0201(15.4 percent), DQB1*0501(12.3 percent), and DQB1*0602 (12.3 percent).In the DRB1 locus, the alleles mostly expressed were HLA – DRB1*0401 (18 percent), DRB1*0402(19 percent), DRB1*0404 (19 percent) and DRB1*0405 (21 percent). In the group consisting of IDDM patients,the alleles most frequently expressed were DRB1*0302 y DQB1*0602.This data describes that in this population, the susceptibility to develop this disease is associatedwith particular allelic combinations of D...